یکی از خانه های تاریخی کوچه مدرس در منطقه 12 تهران که رو به تخریب بود سال ۱۳۸۲ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید و با پیگیری نهادهای مختلف بودجه‌ای معادل یک میلیارد و ۱۵۰ میلیون تومان به سازمان میراث فرهنگی داده شد تا صرف خرید، مرمت و تبدیل خانه به موزه مدرس شود اما سازمان میراث فرهنگی در پرونده ثبتی این خانه، آن را خانه تاریخی مدرس نامیده بود درحالی که خانه مدرس دو پلاک آن طرف تر از این خانه است. آنها به اشتباه به جای خانه مدرس خانه نصیرالدوله وزیر معارف پهلوی را در فهرست میراث ملی ثبت کرده بودند.
با گذشت 11 سال نه تنها این اشتباه جبران نشد بلکه همچنان خانه تاریخی مدرس در فهرست میراث ملی ثبت نشده است و اکنون این خانه تاریخی در مالکیت یکی از فعالان حوزه نشر کتاب است و به عنوان انبار کتاب از آن استفاده می شود.
اتاقهای این خانه تاریخی تا چند سال پیش گچ بری و تزئینات داشت ولی اکنون اثری از این تزئینات در خانه مدرس دیده نمی شود و کاشی های تاریخی زمین اتاق ها نیز در میان کاشی های جدید پنهان شده است و می توان تنها دو سه نمونه از آنها را دید.
خانه خاک گرفته مدرس اکنون دارای سه حیاط است که به جز انبار استفاده دیگری از آن نمی شود. یکی از این حیاط ها اتاق نوکر خائن مدرس است که حتی در اتاقش نیز به روی رئیس شورای شهر تهران و خبرنگاران باز نشد؛ آن هم وقتی که به دیدن این خانه در روز جمعه 17 مرداد همزمان با هفته مشروطه رفته بودند.
پیش از این محسن مدرس، نوه آیت الله مدرس از تخریب بخش بزرگی از این خانه خبر داده و گفته بود: این خانه دارای دوبخش اندرونی و بیرونی بود که اکنون بخش اندرونی آن تخریب شده است. این هر دو بخش تا سال 1323 در اختیار فرزندان مرحوم مدرس بود و جزئی از همان خانه ای است که سردار بزرگ مشروطه با یک سوم حقوق خود که سالها در صندوق مجلس مانده بود، خریداری کرد.
حمید بقایی رئیس وقت سازمان میراث فرهنگی در واکنش به این اشتباه گفته بود سازمان متبوعش نمی تواند برای یک کار دوبار هزینه کند.